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有孤對電子的原子或離子都是配位原子，如F-、Cl-、Br-以及氮原子、氧原子等都是配位原子。配位原子指的是配位化合物中直接和中心原子（或離子）配位的配位體的原子。配位原子提供孤對電子被中心離子接受形成配位鍵。

配位原子主要屬于化學元素周期表中右上角第15（VA）、16（VIA）、17（VIIA）類三個主族元素，外加負氫離子和碳原子，常見的是氟、氯、溴、碘、氧、硫、氮、碳八種元素。

例如，[Cu(NH3)4]SO4中的配位體為NH3分子，其中N原子直接和中心金屬離子鍵合，所以配位原子是N而不是H原子。同樣，在K3[Co(CN-)5(SCN)]中配位原子是CN-配位體中的C原子和SCN-配位體中的S原子。在多齒配體中，可有兩個或兩個以上的配位原子。例如在[Co(NH2CH2CH2NH2)3]SO4中，乙二胺配位體中的兩個N原子均為配位原子，所以CoⅡ的配位數(shù)仍為6。