1、員工不配合工作的，如果是不配合履行勞動合同中應該由勞動者履行的義務的，那么可以開除不配合工作的員工，如果是強行安排不屬于勞動者的工作，那么不配合工作屬于勞動者自身的權利。
2、法律依據：《中華人民共和國勞動合同法》第三十九條，勞動者有下列情形之一的，用人單位可以解除勞動合同：
(一)在試用期間被證明不符合錄用條件的;
(二)嚴重違反用人單位的規(guī)章制度的;
(三)嚴重失職，營私舞弊，給用人單位造成重大損害的;
(四)勞動者同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位的工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出，拒不改正的;
(五)因本法第二十六條第一款第一項規(guī)定的情形致使勞動合同無效的;
(六)被依法追究刑事責任的。