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胃腸道間質(zhì)瘤的發(fā)病原因通常與不良生活習(xí)慣、不良飲食習(xí)慣、環(huán)境污染有關(guān)，例如不良生活習(xí)慣導(dǎo)致身體免疫力下降，不良的飲食習(xí)慣導(dǎo)致體內(nèi)有毒物質(zhì)積累過多，環(huán)境污染導(dǎo)致身體接觸致癌物質(zhì)的幾率大大增加。

還有認(rèn)為基因突變與該病有關(guān)，胃腸道間質(zhì)瘤細(xì)胞表達(dá)一種具有酪氨酸激酶活性的生長因子受體c-kit，90%的胃腸道間質(zhì)瘤細(xì)胞有c-kit基因的突變。

這一突變導(dǎo)致c-kit的酪氨酸激酶活性的持續(xù)激活和c-kit的自身磷酸化，引起下游信號傳導(dǎo)系統(tǒng)的激活和細(xì)胞增殖失控，從而導(dǎo)致胃腸道間質(zhì)瘤的發(fā)生。