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(一)概念區(qū)別

商業(yè)秘密是企業(yè)的財產(chǎn)權(quán)利，它關乎企業(yè)的競爭力，對企業(yè)的發(fā)展至關重要，有的甚至直接影響到企業(yè)的生存。商業(yè)秘密等知識產(chǎn)權(quán)可申請緊急保全。

專利一般是由政府機關或者代表若干國家的區(qū)域性組織根據(jù)申請而頒發(fā)的一種文件，這種文件記載了發(fā)明創(chuàng)造的內(nèi)容，并且在一定時期內(nèi)產(chǎn)生這樣一種法律狀態(tài)，即獲得專利的發(fā)明創(chuàng)造在一般情況下他人只有經(jīng)專利權(quán)人許可才能予以實施。在我國，專利分為發(fā)明、實用新型和外觀設計三種類型。

(二)保護制度設立目的不同

商業(yè)秘密是秘不示人的秘密武器，通過《反不正當競爭法》保護，目的側(cè)重于維護公平競爭。

專利是國家授予的一項合法壟斷權(quán)，通過《專利法》保護，目的側(cè)重于鼓勵創(chuàng)新。

(三)保護范圍不同

從對兩者的概念分析可以看到，商業(yè)秘密所涵蓋的保護范圍較為廣泛，包括技術信息及經(jīng)營信息。只要當信息不能被歸為“發(fā)明、實用新型和外觀設計”時均可以作為商業(yè)秘密保護，包括但不限于設計方案、可獲得專利權(quán)的裝置或工藝手法，甚至可以是研發(fā)過程中的試驗記錄或是任何將來具有價值的其他信息。

專利的保護范圍具有一定的局限性，至少有一部分信息是需要公開的，比如說明書、附圖、具體實施方式等。

(四)取得方式及成本不同

專利權(quán)基于申請的并經(jīng)過行政機關公告授權(quán)取得，授予專利權(quán)的發(fā)明和實用新型應當具備新穎性、創(chuàng)造性和實用性并應當在授予專利權(quán)后向社會公開。發(fā)明專利的期限為二十年，實用新型和外觀設計的期限為十年(外觀設計有望改為15年)，期滿需要繳費來續(xù)期。

商業(yè)秘密的取得無需行政機關審批，只要該信息符合秘密性、保密性和價值性即可(特別說明，新穎性不是商業(yè)秘密的構(gòu)成要件，新穎性是專利制度中的法律概念和專利有權(quán)需要符合的條件之一，并不能套用到商業(yè)秘密制度上。)，核心技術信息所有人自行采取保密措施。此外，商業(yè)秘密沒有期限限制，只要擁有者一直持續(xù)把某信息當商業(yè)秘密對待，該信息從產(chǎn)生之日起立即生效，而且可以一直持續(xù)擁有商業(yè)秘密的身份，而無需去向任何機構(gòu)申請登記也無需繳納任何費用。但看似無須官方成本，而根據(jù)“免費的才是最貴的”理論，企業(yè)通常為了維護商業(yè)秘密需要采取一系列保密措施，這些措施的花費可能是上無封頂?shù)摹?/P>

(五)公開后果不同

專利的取得是以公開為前提，是通過公開后取得權(quán)利保護。而商業(yè)秘密一旦公開，就不再受到保護了。

(六)侵權(quán)判定原則不同

專利侵權(quán)通過判斷被控侵權(quán)技術方案是否落入專利權(quán)保護范圍來認定，主要是運用相同侵權(quán)或等同侵權(quán)等原則，被訴侵權(quán)技術方案的技術特征與權(quán)利要求記載的全部技術特征相比，缺少權(quán)利要求記載的一個以上的技術特征，或者有一個以上技術特征不相同也不等同的，人民法院應當認定其沒有落入專利權(quán)的保護范圍。

商業(yè)秘密侵權(quán)判定的原則主要是相同或者實質(zhì)相似+接觸-合法來源，與專利侵權(quán)判定不同的是需要判斷被控侵權(quán)人是否實際或可能接觸過權(quán)利人的商業(yè)秘密。